Алекс Мерсер очнулся в морге, потеряв память, но получив взамен запредельные возможности и силу. Вирус поразил весь Манхэттен, и силами военных на острове был организован карантин. С заражёнными жителями происходят жуткие необратимые мутации, но ни одна из них не сравнится с тем, что случилось с Алексом. Наш антигерой обнаруживает способность менять свой облик, также он может «поглощать» других живых существ. Ваш герой в Prototype – самое могучее создание на закрытом острове, а весь город – это поле для экспериментов. Однако игровой мир кажется каким-то незавершенным.
